バイオエンジニアリング専攻は、東京大学大学院工学系研究科に置かれた専攻です。大学院学則第2条第5項は修士課程の標準修業年限を二年と定め、第5条は、三十単位以上を修得し、必要な研究指導を受け、修士論文の審査と最終試験に合格することを修了要件としています。修了者には修士の学位が授与され、工学系研究科では修士（工学）となります。

三十単位を取るだけで修了できる制度ではありません。授業、研究室での指導、修士論文、最終試験が一体になっています。入試で志望指導教員を少なくとも第十志望まで入力し、合格者と研究室配属を同時に決める制度からも、入学後の研究指導が修士課程の中心に置かれていることが分かります。

専攻が掲げる中心課題は、物質・システムと生体の相互作用を理解し、その相互作用を制御する基盤技術を作ることです。2027年度入試案内は、予防、診断、治療が一体になった未来型医療システムへの貢献を目標として示しています。研究対象として、半導体・センサ、画像計測、ロボット、流体、超音波、合成高分子、薬物送達、人工組織、RNA、酵素などを挙げています。

研究対象は細胞や分子だけに限られません。受験時には数学・物理学・化学から一科目を選びますが、その選択は、入学後の六分野を一つの入試科目に閉じ込めるコース分けではありません。