薬学系研究科には、薬科学専攻と薬学専攻があります。組織規則では、薬科学専攻に修士課程と博士後期課程を置き、基幹講座を有機薬科学・物理薬科学・生物薬科学としています。薬学専攻には4年制の薬学博士課程を置き、基幹講座を創薬学・医療薬学・社会薬学としています。研究科全体の名称だけを願書に書くのではなく、専攻と課程まで決める必要があります。

薬科学専攻は創薬科学・基礎生命科学の研究者養成を中心にし、薬学専攻は医療・社会・創薬を含む4年制博士課程です。薬科学修士を受けたい人が、名称に「薬学」があるという理由だけで薬学博士課程の募集要項を読むと、出願資格も問題選択数も変わります。